Chez les moins de 5 ans, les bronchiolites, pneumonies et laryngites aiguës sous-glottiques sont responsables d’une large part des hospitalisations. Une vaste étude américaine s’est attachée à préciser quels virus respiratoires étaient associés aux diagnostics d’infection respiratoire aiguë, et regarder s’il y avait eu une évolution après la pandémie de Covid-19 (1). Ses résultats montrent que, chez ces tout-petits, les virus respiratoires sont très souvent impliqués dans les infections respiratoires aiguës, en particulier les virus respiratoires syncytiaux (VRS), suivis des rhinovirus et entérovirus (RV/EV), puis des parainfluenza virus (PIV). Et ce, sans qu’il n’y ait eu d’évolution notable entre la période pré Covid-19 et post Covid-19.
Près de 20 000 enfants en IRA étudiés
L’étude porte sur tous les moins de 5 ans arrivant aux urgences ou hospitalisés entre 2017 et 2023, dans 7 centres pédiatriques américains, chez lesquels des prélèvements respiratoires avaient été effectués, soit 53 750 enfants. Parmi eux, plus d’un tiers (36 %) présentaient une infection respiratoire aiguë (IRA). Toujours parmi eux, plus d’un quart souffraient de bronchiolite (n = 14 340), 8 % de pneumonie (n = 4 423) et 4 % de laryngite aiguë sous-glottique (n = 2 367) caractérisées.
L’âge moyen de ces enfants était de 8 mois dans les bronchiolites, de 18 mois dans les laryngites aiguës sous-glottiques et de 23 mois dans les pneumonies.
La grande majorité de ces enfants n’avaient aucune comorbidité, à l’exception de ceux ayant développé une pneumonie. Chez ces derniers, on a retrouvé, dans plus d’un tiers des cas (36 %), une maladie sous-jacente, dont 20 % de maladies pulmonaires chroniques, 10 % de pathologies neuromusculaires et 10 % de maladies cardiaques.
Au moins un virus détecté dans plus de 80 % des cas, plus d’un dans 20 % des cas
La recherche de virus respiratoire a globalement été positive dans plus de 80 % des cas.
Et, pour 17-19 % des cas, on a retrouvé plus d’un virus respiratoire, témoignant d’une co-infection.
À noter, la proportion de virus mis en évidence dans les trois syndromes a été stratifiée sur l’âge et l’année de surveillance, en particulier durant sur les périodes pré Covid-19 et post Covid-19 (2017-2019), ainsi que sur l’existence de pathologie sous-jacente.
Sans surprise, le virus respiratoire syncytial (VRS) prédomine dans les bronchiolites (41 %) et les pneumonies (26 %). Les parainfluenza virus (PIV) sont les virus les plus souvent mis en évidence dans les laryngites aiguës sous-glottiques. Quant aux rhinovirus et entérovirus (RV/EV), ils représentent globalement le second type de virus retrouvé quel que soit le syndrome, et sont particulièrement présents chez les enfants de moins de 6 mois, et lors de maladie sous-jacente.
Période pré et post Covid-19 : pas d’évolution notable
Pour examiner l’évolution des divers virus impliqués avant et après la pandémie de Covid-19, les auteurs ont comparé les résultats obtenus sur la période 2017-2019 à ceux obtenus sur la période 2021-2023.
De manière générale, bien moins de virus ont été retrouvés dans les échantillons prélevés durant la première année de la pandémie, mais la circulation virale a largement rebondi dès 2022. Et il n’y a pas eu de réel switch dans l’écologie virale, soit des types de virus impliqués. On note juste une légère décroissance (moins 10 %) de la fréquence des PIV dans les laryngites aiguës sous-glottiques post Covid-19.
Bien sûr, en post Covid-19, le virus Sars-Cov-2 est venu s’ajouter aux autres virus détectés. Mais s’il est venu modifier l’écologie vitale des laryngites aiguës sous-glottiques, dans lesquelles il a été retrouvé dans 8 % des cas. Ce n’est pas le cas pour les autres pathologies : bronchiolites, 1 % des cas et pneumonies, 1,5 % des cas.
Ce travail montre donc que l’irruption du Sars-Cov-2, même si les mesures prises durant la pandémie ont largement freiné la circulation des virus respiratoires, n’a pas modifié l’écologie virale des infections respiratoires aiguës des moins de 5 ans. Le virus respiratoire syncytial (VRS), les rhinovirus et entérovirus (RV/EV) et les parainfluenza virus (PIV) restent les premiers contributeurs aux infections respiratoires aiguës des jeunes enfants.
(1) Z Teoh et al. Viral Detection in Children <5 Years with Bronchiolitis, Pneumonia, and Croup, New Vaccine Surveillance Network, 2017-2023 JPIDS 2025; 14
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