Les virus (surtout les rotavirus) sont responsables de 70 à 80 % des cas chez le nourrisson et l’enfant. Les causes bactériennes (10 à 20% des cas) sont dues à des germes invasifs (salmonelles, Escherichia coli, etc.), producteurs de toxines (Escherichia coli, Shigella) ou à la fois invasifs et producteurs d’enterotoxines (Campylobacter jejuni).