Les ruptures de médicaments concernent également les pharmacies hospitalières. Selon une enquête du SNPHARE, quatre heures par semaine sont consacrées par 55 % des pharmaciens hospitaliers à gérer les pénuries. Pour 35 % d'entre eux, ce temps dépasse même six heures par semaine. Le paracétamol ou l'amoxicilline sont loin d'être les seuls médicaments concernés. Des difficultés d'approvisionnement voire de délivrance sont observées avec des médicaments d'urgence vitale comme l'isoprénaline.