Que sait-on des nouveaux sous-lignages d’Omicron ? Alors qu'en France BA.5, BA.4 et BA.2.12.1 gagnent du terrain, Santé publique France a publié le 17 juin une nouvelle analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2, qui apporte quelques éléments de réponse.
Comme le rappelle le document, on observe dans l’Hexagone un remplacement progressif de BA.2 au profit des sous-lignages BA.5 (24,2 % des séquences interprétables dans l’enquête Flash S22-2022) mais aussi BA.4 et BA.2.12.1 (respectivement 3,7 % et 4,4 % dans Flash S22-2022). En parallèle, la circulation du SARS-CoV-2 repart à la hausse, à l’instar de ce qui est observé dans plusieurs pays européens et de ce qui a été décrit initialement en Afrique du Sud ou au Portugal.
Encore des questions sur transmissibilité et le risque d’échappement immunitaire
Cette diffusion suggère que ces sous-lignages « possèdent un avantage par rapport à BA.2 », analyse SPF. Cependant ce point reste à préciser et des études sont en cours pour évaluer si ces dynamiques sont liées à certaines caractéristiques intrinsèques de ces virus, en particulier en termes de transmissibilité et d’échappement à la réponse immunitaire, ou si elles résultent davantage de facteurs extrinsèques (comme la couverture vaccinale ou l’adhésion aux mesures de prévention non pharmaceutiques).
Deux études ont montré une augmentation de l'activité fusogène (fusion des membranes virales et cellulaires) de BA.4 et BA.5 par rapport à BA.2. « Si la fusogénicité est un facteur pouvant influer sur la transmissibilité d’un variant, son impact est difficile à estimer et, dans le cas de BA.4 et BA.5, reste encore inconnu », souligne SPF.
Par ailleurs, des études in vitro sur ces trois sous-lignages n’ont pas montré de différences majeures de neutralisation par les anticorps comparé à BA.2, « ce qui est en faveur d’une efficacité vaccinale similaire et d’une protection croisée ».
Au Portugal, le remplacement de BA.1 par BA.5 a toutefois été associé à une proportion de réinfections plus importante, « mais la part relative du variant et du contexte (en particulier lié à la diminution de l’immunité au cours du temps) sur ce phénomène est encore à évaluer ».
En France, environ 15 % des cas BA.4 et BA.5 investigués ont rapporté une précédente infection par le SARS-CoV-2, soit un taux de réinfection similaire aux cas de BA.1 précédemment investigués. Et s’il n’existe à ce jour toujours pas de données sur la probabilité de réinfection par BA.4 ou BA.5 après une infection par BA.2, « une protection croisée est attendue étant donnée la proximité génétique entre ces trois sous-lignages ».
Sur le plan clinique, les données recueillies sur plus de 300 cas confirmés ou possibles d’infection par BA.4 ou BA.5 suggèrent quelques spécificités par rapport à BA.1. Ainsi, « la probabilité de présenter anosmie et agueusie, mais aussi nausées, vomissements et diarrhée était plus élevée pour les cas de BA.4/BA.5 par rapport à ceux de BA.1. Les cas de BA.4/BA.5 ont aussi déclaré une durée des signes cliniques plus longue ».
Pas d'argument pour une sévérité accrue
En revanche, le taux d’hospitalisation n’était pas significativement plus élevé pour BA.4 et BA.5 par rapport à BA.1 et la majorité des cas hospitalisés présentaient des facteurs de risque. Les données accumulées dans plusieurs pays vont dans le même sens et « n’ont pas documenté d'augmentation de la sévérité associée à BA.4 et BA.5 », rassure SPF. Une étude réalisée sur un modèle in vivo de hamster a certes conclu que BA.4 et BA.5 étaient plus pathogènes que BA.2, mais ces résultats sont à prendre avec précaution. « Le modèle hamster est difficilement transposable chez l’Homme, les virus utilisés portent la Spike de BA.4/BA.5 mais le reste du génome de la souche indexe (Wuhan) et cette étude a été réalisée sur un très faible nombre de sujets ».
Sur le plan épidémiologique, les premières observations tendent aussi à rassurer. En Afrique du Sud, la cinquième vague associée au remplacement de BA.2 par BA.4 et BA.5 a été courte (moins de 8 semaines), de faible intensité (pic autour de 10 000 cas par jour, contre 30 000 cas par jour pour la vague BA.1), avec un impact hospitalier limité. De même, au Portugal, « la progression de BA.5 a été associée à une reprise épidémique dans le pays, mais le pic de cette vague débutée fin avril semble aujourd’hui passé ». Si cela se confirme, « l’amplitude de la vague aura été bien moindre que la précédente », souligne SPF.
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