Microbiote et cancer colorectal : un lien direct mis à jour avec un E.Coli génotoxique

Le microbiote intestinal est suspecté depuis longtemps d'être impliqué dans la tumorogenèse du cancer colorectal. Pour la première fois, des chercheurs néerlandais apportent la preuve d'un lien direct entre une souche bactérienne classée génotoxique et le cancer colorectal.

Dans « Nature », l'équipe coordonnée par Hans Clevers et Ruben van Boxtel du Hubrect Institute (Utrecht) a identifié une signature de mutation dans l'ADN digestif suite à l'exposition prolongée à E.Coli dite pks+. Cette bactérie commune - présente chez environ 10 à 20 % de la population - était déjà connue comme productrice de la toxine colibactine génotoxique.

Des mini-organes en 3D

Dans ce travail, les scientifiques ont utilisé des organoïdes intestinaux humains, des sortes de mini-organes en 3D, pour tester l'exposition répétée à la bactérie pendant 5 mois.

Le séquençage du génome des organoïdes, avant et après l'expérience, a révélé une signature de mutation particulière, qui était uniquement retrouvée après exposition à E.Coli pks+ mais pas avec les E.Coli pks- mutants.  

De plus, les chercheurs ont mis en évidence que cette même signature de mutation était présente au sein de 2 cohortes indépendantes totalisant 5 876 génomes humains de 12 cancers différents, mais principalement colorectal. « Plus de 5 % des cancers colorectaux présentaient des niveaux élevés de la signature, quand c'était le cas pour seulement moins de 0,1 % de la totalité des autres cancers, rapporte Jens Puschlof, de l’université du Hubrecht Institute et coauteur de l'étude. Seulement quelques cancers, connus pour être exposés à la bactérie, comme le cancer de la cavité buccale et de la vessie, présentaient aussi la signature ».

Prudence avec les probiotiques

Ces résultats suggèrent une nouvelle approche de la prévention du cancer colorectal via l'administration précoce de traitement antibiotique chez les porteurs. Dans l'immédiat, pour Hans Clevers, ces nouveaux éléments alertent sur l'utilisation des probiotiques et appellent à prendre davantage de précaution : « Il existe actuellement sur le marché des probiotiques qui contiennent les souches génotoxiques d'E.Coli. Certains sont en cours d'évaluation dans des essais cliniques. Ces souches d'E.Coli devraient être réévaluées d'un œil critique au laboratoire. S'ils peuvent soulager à court terme d'un inconfort digestif, ces probiotiques pourraient entraîner un cancer plusieurs décennies plus tard ».