Le premier séquençage du génome des bactéries digestives

UN PREMIER séquençage de l’ensemble des gènes des bactéries présentes dans le tube digestif humain, ou métagénome, est publié par un consortium international de chercheurs, coordonné par l’INRA.

Une méthode de séquençage d’ADN de nouvelle génération à très haut débit a été utilisée pour caractériser les gènes de bactéries provenant de selles de 124 individus d’origine européenne et représentant des populations nordiques et méditerranéennes. L’étude montre que seulement un millier d’espèces bactériennes est habituellement présent en grande quantité dans l’intestin humain et que chaque individu en abrite au moins 170. De plus, contrairement à ce qui était établi, cette étude approfondie démontre que la plupart des espèces sont semblables d’un individu à l’autre et que « les humains sont relativement semblables du point de vue de la composition de leur flore bactérienne intestinale. »

Les gènes séquencés proviennent du millier d’espèces bactériennes intestinales habituelles et 85 % des gènes étudiés ont été séquencés, représentant environ 3,3 millions de gènes bactériens. Ce métagénome est donc 150 fois plus important que le génome humain.

L’analyse révèle la quasi-totalité des quelques 19 000 fonctions différentes codées par le métagénome intestinal humain. Seules 6 000 d’entre elles sont présentes chez chaque individu, constituant « le métagénome intestinal humain minimal requis pour le fonctionnement de l’écosystème intestinal » (pour réaliser la synthèse des vitamines, des acides aminés indispensables, la dégradation des sucres complexes, etc).

Ce métagénome est le premier résultat du projet européen MetaHIT de caractérisation génétique de la flore intestinale humaine.

Junjie Qin et coll. Nature, 4 mars 2010.