PARVENIR À CONTRÔLER la progression d’un cancer nécessite de monitorer, d’une part, la présence des cellules tumorales après un traitement et, d’autre part, de détecter une éventuelle récidive. Ce type de suivi permet de savoir dans quelle mesure un traitement est efficace.
L’étude de Rebecca Leary, Victor Velculescu et coll. montre que la technique de séquençage futuriste qu’ils testent est peut-être destinée à devenir un outil important dans l’ère de la prise en charge personnalisée du cancer.
Un trait pratiquement universel des cellules cancéreuses est représenté par des réarrangements spécifiques au sein de leur ADN, mais qui n’existent pas dans l’ADN normal. Jusqu’à présent, il a été difficile d’atteindre une résolution suffisante pour pister des modifications très fines.
Rebecca Leary et coll. se sont intéressés à des réarrangements peu étudiés, qui intéressent de larges portions d’ADN, plutôt que des modifications portant sur des nucléotides isolés.
Pour prendre une image, « lors du séquençage du génome entier d’individus par le passé, nous nous sommes focalisés à des altérations portant sur l’équivalent d’une lettre dans un livre, alors que maintenant nous cherchons une réorganisation des chapitres, ce qui est beaucoup plus facile à trouver dans le sang ».
Certaines permutations et repliements au sein de l’ADN ont été spécifiquement identifiés en relation avec le cancer et ne sont pas présents dans les cellules normales. Ils représentent donc des biomarqueurs idéaux pour le cancer.
Séquençage du génome entier chez 6 patients.
Les chercheurs ont réalisé une étude pilote chez 4 patients souffrant de cancer colorectal et deux patientes ayant un cancer du sein. Un séquençage du génome entier a été réalisé sur les prélèvements tissulaires tumoraux de ces 6 patients. L’équipe a d’abord identifié des régions ou le nombre des copies était similaire aux prévisions, ainsi que d’autres régions sites de fusions de différents chromosomes entre eux.
Ces régions ont été analysées plus avant pour identifier des séquences d’ADN présentant un ordonnancement ou une orientation ou un écartement incorrects. Une série de 4 parmi 15 réarrangements a été trouvée dans chacun des échantillons de cellules.
Dans des échantillons sanguins, cette fois, de 2 patients ayant un cancer colorectal, l’ADN présent dans ce sang a été amplifié, ce qui a montré que ces tests sont suffisamment sensibles pour y détecter les réarrangements de l’ADN tumoral.
Trace de tumeur résiduelle.
L’étude a porté ensuite sur un des cas de cancer colique, où on a trouvé une fusion entre les chromosomes 4 et 8. « Nous avons développé un biomarqueur capable de mesurer ce réarrangement et l’avons testé dans différentes situations. » Ainsi, après résection chirurgicale, le niveau du biomarqueur a chuté. Puis il a augmenté à nouveau par la suite, indiquant une reprise de l’évolution de la tumeur. Après chimiothérapie et une seconde intervention chirurgicale, le biomarqueur s’est substantiellement réduit. Toutefois, la présence d’un niveau faible mais mesurable de ce biomarqueur a pu être corrélée à une petite lésion métastatique au foie.
Selon Leary et coll., « l’approche PARE permet de réaliser des biomarqueurs personnalisés et offre un moyen fiable et spécifique d’objectiver une trace génétique ténue laissée par une tumeur résiduelle après résection ou chimiothérapie ». Elle pourrait aussi être utile pour détecter la présence de cellules tumorales aux marges de la résection ou dans des ganglions lymphatiques. Et peut-être pour faire un diagnostic précoce de cancers avant qu’ils ne soient visualisables par l’imagerie.
La technologie PARE est très onéreuse, mais elle devrait devenir bon marché, comme la PCR.
Présentation au Congrès de l’American Association for the Advancement of Science (AAAS), San Diego et publication dans Science Translational Medicine du 24 février 2010.
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