Nouveau sommet Afrique France : l'ANRS s'engage contre le Covid

Dans le cadre de la lutte contre la pandémie, l’ANRS/Maladies infectieuses émergentes soutient plusieurs projets de recherche en Afrique, sélectionnés via des appels à projets. Objectif ? « Mutualiser les forces », expliquait le Dr Éric D’Ortenzio, épidémiologiste et responsable du département Stratégie et Partenariats de l’ANRS, lors d’un point presse ce 4 octobre, en amont du Nouveau Sommet Afrique France qui se tiendra du 7 au 9 octobre à Montpellier.

Le projet « AfroScreen » illustre cette dynamique. Associant l’Institut Pasteur, l’Institut de recherche pour le développement (IRD) et l’ANRS, il vise à renforcer les capacités de surveillance virologique et génomique du SARS-CoV-2 et de ses variants dans 13 pays du continent (Bénin, Burkina Faso, Cameroun, Côte d’Ivoire, Ghana, Guinée, Madagascar, Mali, Niger, République centrafricaine, République démocratique du Congo, Sénégal et Togo).

Le projet s’inscrit dans la suite de précédentes actions de surveillance conjointe. Au sein du projet « AriaCOV » notamment, 13 enquêtes sérologiques ont été menées dans six villes africaines et plus de 13 500 prélèvements sanguins réalisés entre octobre 2020 et septembre 2021. D’autres sont en cours. Les premiers résultats portant sur la première vague (de janvier à décembre 2020) à Kinshasa (RDC), publiés dans « Clinical Infectious Diseases », font état de « 17 à 20 % des prélèvements positifs », indique le Pr Ahidjo Ayouba, directeur de recherche et virologue à l’IRD, soit une « prévalence bien supérieure » aux données de surveillance disponibles.

Seules 35 000 à 40 000 séquences de GISAID viennent d’Afrique

C’est cette différence que le projet « Afroscreen » entend contribuer à combler en soutenant l’augmentation des capacités de séquençage (équipements, réactifs et personnel formé aux techniques de criblage et de bio-informatique). Car pour l’heure, sur les 3 millions de séquences déposées à fin septembre sur la plateforme GISAID (Global Initiative on Sharing Avian Influenza Data), seules 35 000 à 40 000 viennent d’Afrique. Cela représente « moins de 1 % des cas positifs » recensés sur le continent, souligne le Dr Éric D’Ortenzio. « C’est insuffisant pour surveiller l’apparition de variants ».

Cette « montée en compétences » visée par le projet se veut complémentaire des différentes initiatives menées sur le continent, notamment par l’agence Africa CDC. À terme, « les différentes initiatives vont augmenter les capacités pour le SARS-CoV-2, mais aussi pour d’autres pathogènes émergents », espère le Dr D’Ortenzio, mentionnant la surveillance d’Ebola et, dans une perspective « One Health », la recherche sur la faune sauvage et la prévention des passages de virus de l’animal à l’homme.

Cette attention à la faune sauvage est également un objectif du projet « AfriCoV » qui vise la mise en place d’une veille génomique des virus SARS-CoV-2 sur les marchés de viande de brousse en Côte d’Ivoire, au Cameroun et au Bénin. Cette surveillance constitue une « sentinelle cruciale » afin d’« anticiper les futurs réservoirs de SARS-CoV-2 », alors que ce commerce est d’une « ampleur importante » sur le continent, précise le Pr Sery Ernest Gonedelé Bi, généticien à l’université Félix-Houphouet-Boigny (Côte d’Ivoire).

L'essai Coverage se déploie en Afrique

À côté de ce renforcement des capacités de surveillance, d’autres axes de recherche sont soutenus par l’ANRS. En matière de traitement, l’essai « Coverage Africa » a été lancé en Guinée et au Burkina Faso en avril dernier, avec l’université de Bordeaux, pour évaluer deux traitements : le telmisartan, un antihypertenseur appartenant à la famille des inhibiteurs de l’angiotensine II et une bithérapie associant l’anti-inflammatoire inhalé ciclésonide et l’antiparasitaire à large spectre nitazoxanide.

En matière de prise en charge clinique, le projet « AntibioClic Afrique » porte sur l’élaboration d’un outil électronique d’aide à la décision clinique pour la prise en charge du Covid-19 en Côte d’Ivoire, au Burkina Faso, au Gabon, au Mali et au Sénégal. Par ailleurs, plusieurs projets s’intéressent aux impacts de la pandémie sur les populations du continent. Dans le Sénégal rural par exemple, le projet « CO³ELSER » étudie l’impact de l’exode urbain sur le quotidien de la population rurale et sur les comportements préventifs face au Covid-19, tout en analysant les perceptions et croyances à l’égard du risque épidémique.

« Les projets que l’on finance ou promeut en Afrique et ailleurs sont mis en place par les équipes scientifiques locales et répondent à des questions adaptées aux contextes locaux. Cette approche a déjà porté ses fruits et nous espérons la développer encore davantage : c’est essentiel pour mieux contrôler les pandémies actuelles », conclut le Dr D’Ortenzio.