Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a rendu un avis sur la question très technique de l'interprétation des résultats de tests PCR faiblement positifs. Un résultat de test PCR est qualifié de « faiblement positif » quand un grand nombre de cycles de PCR (on parle de Ct) a été nécessaire pour parvenir à détecter de l'ARN viral. Le Ct est inversement représentatif de la charge virale : un Ct élevé fait craindre un faux positif, c’est-à-dire qu'il corresponde à la détection de résidus d'ARN d'une infection ancienne.
En général, les laboratoires de biologie ne fournissent pas la valeur de la Ct, le plus souvent parce que la technique de PCR employée ne le permet pas. Aussi le HCSP estime qu'il n'est pas nécessaire de systématiquement interpréter la valeur de Ct dans la stratégie de prise en charge et d’isolement du patient. La règle générale est donc de ne pas faire de différence entre tests positifs et tests faiblement positifs.
En revanche, ils demandent que la valeur semi-quantitative du résultat de RT-PCR, si elle est disponible, soit interprétée dans certains cas de figure selon l’algorithme du référentiel de la Société française de microbiologie. Par exemple, ils recommandent de le faire lorsqu'il faut évaluer le risque de contagiosité chez un cas contact asymptomatique avec un épisode récent de Covid-19, ou lors d'un dépistage opéré dans le cadre de l'exploration d'un cluster, toujours chez un patient asymptomatique.
Un seuil de 33 cycles de PCR
Cette recommandation a pour but de s'assurer d'une mise en place correcte des mesures de contrôle de la transmission du SARS-CoV-2 basée sur le risque de contagiosité de la personne testée. Si la valeur de Ct est inférieure ou égale à 33 (c'est-à-dire que la charge virale est élevée), un isolement de 7 jours est à respecter à partir de la date du prélèvement. Si la valeur de Ct est supérieure à 33 (c'est-à-dire que la charge virale est faible), une seconde RT-PCR est recommandée 48 heures après pour déterminer la phase de la cinétique virale. En cas de second résultat avec un Ct supérieur à 33, l’isolement est levé.
Le HCSP recommande aussi de prendre en compte le Ct dans le cadre de suivi d’infection à SARS-CoV-2, lors du transfert en soins de suite et de réadaptation ou en EHPAD de personnes ayant présenté une infection Covid-19. La valeur de Ct inférieure ou égale à 33 (c'est-à-dire une charge virale élevée) contre-indique un tel transfert.
En hospitalisation classique, la prise en compte de la Ct permet « d'apprécier la part du niveau d’excrétion virale dans l’évolution de la maladie », ajoute les auteurs. En milieu professionnel, la valeur de Ct pourrait être un des indicateurs pour le retour au travail du personnel ou le maintien au travail. La décision de reprise ou de poursuite de l'activité professionnelle reste du domaine de la médecine du travail, et une excrétion virale modérée voire faible (Ct supérieure à 33) ne doit pas être un motif de non-respect des mesures barrières.
Encore trop peu de données sur le délai de réinfection
L'interprétation des tests positifs faibles n'est pas le seul sujet pour lequel le HCSP a été consulté. La DGS l'a également saisi sur la question du délai minimum au déjà duquel il existe un risque de réinfection. Sur ce point-là, le Haut Conseil ne peut se prononcer, au vu du faible nombre de cas rapportés. Le HCSP recommande toutefois que les cas suspects de réinfection soient systématiquement investigués.
Concernant le dernier point de la saisine : l'intérêt du prélèvement nasal chez les personnes de 15 ans et plus pour le diagnostic d’infection à SARS-CoV-2 par RT-PCR, le HCSP rappelle que le prélèvement nasopharyngé est pour l’instant la référence.
Le seul cas de figure envisagé par le HCSP est celui des contre-indications au prélèvement nasopharyngé ou oropharyngé pour une détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR. Le HCSP encourage la mise en place d’études prospectives à large échelle.
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