Le 21 mars 2014, c’est lui qui, le premier confirme que l’épidémie qui sévit en Guinée depuis fin 2013 est la fièvre Ebola, de souche Zaïre. Lui, c’est le laboratoire P4 INSERM Jean Mérieux de Lyon, un laboratoire de très haut confinement dédié à l’étude des agents pathogène de classe 4, comme les virus Ebola, Marburg ou Lassa.
Lorsqu’il reçoit les échantillons d’une vingtaine de premiers cas d’Ebola en mars 2014, il procède à diverses analyses pour confirmer le diagnostic, en association avec le Centre national de référence (CNR) sur les fièvres hémorragiques virales : détection du matériel génétique du virus par RT-PCR, séquençage des fragments de PCR pour mettre en évidence la souche Ebola Zaïre et isolement du virus par culture cellulaire sur des échantillons de sang provenant des patients. À ce stade, l’épidémie est encore circonscrite à la Guinée, le premier pays touché, et rien ne laisse imaginer les proportions qu’elle va prendre.
Une ampleur inhabituelle
« Une épidémie de cette ampleur n’avait jamais été observée et il n’y avait à cette époque pas de signes particulièrement inquiétants provenant des pays infectés aujourd’hui, laissant envisager un tel scénario », souligne le Dr Delphine Pannetier, responsable adjointe du CNR sur les fièvres hémorragiques virales à Lyon.
En avril, une personne du laboratoire P4 est envoyée en Guinée pour travailler dans le laboratoire mobile européen (EMLab). Son objectif : effectuer les diagnostics d’Ebola à côté du centre de traitement de Guéckédou, afin de trier les malades et de n’hospitaliser que les patients positifs au virus Ebola dans les chambres d’isolement.
Trois missions se succèdent sur place, d’une durée de trois semaines chacune. En parallèle, le laboratoire P4 et le CNR sont sollicités pour conseiller les autorités de santé françaises sur la conduite à tenir. « Il n’existait qu’un seul P4 en France donc nous étions le seul laboratoire expert sur ces pathogènes », explique le Dr Pannetier. Le P4 élabore ainsi des conseils sur le virus, ses modes de transmission, les méthodes de détection, le contrôle des épidémies, les moyens de protection, ou encore les bonnes pratiques de laboratoire à respecter pour éviter la contagion. Il joue également un rôle primordial dans le plan de prévention mis en place, car il est le seul habilité à recevoir les échantillons de sang provenant des patients infectés et des cas avérés de maladie à virus Ebola. À partir des échantillons, le CNR des fièvres hémorragiques virales réalise les diagnostics, ainsi que le suivi des charges virales des patients au cours de la maladie. Il effectue également la surveillance pour les pays voisins de ceux en situation épidémique, lorsqu’ils trouvent des cas suspects de fièvre à virus Ebola : Burkina Faso, Bénin, Togo…
Test de diagnostic rapide
En octobre, c’est encore le P4 qui effectue la validation technique du test de diagnostic rapide du virus Ebola développé par le CEA. Baptisé Ebola eZYSCREEN, il permet d’obtenir un diagnostic des cas positifs en moins de 15 minutes, sans matériel spécifique, à partir d’une goutte de sang, de plasma ou d’urine. « Ce test est pratique sur le terrain pour obtenir rapidement le diagnostic des cas les plus positifs et les isoler rapidement, mais il n’est pas assez sensible pour remplacer les techniques de PCR qui sont la référence diagnostic actuelle, précise néanmoins le Dr Pannetier. Un test rapide négatif ne permet pas de conclure ou non sur une infection Ebola et il faut faire les PCR pour être sûr ».
Enfin, en décembre, deux membres du CNR sont envoyés en Guinée, dans le nouveau centre de traitement d’Ebola ouvert par la France à Macenta. Ils ont pour mission de monter un laboratoire de terrain, géré par l’Institut Pasteur, afin de réaliser et confirmer les diagnostics Ebola pour les patients admis dans le centre. « Il s’agit d’une structure en dur et non de tentes comme les centres de soins », précise le Dr Pannetier. Dans ce laboratoire, ils disposent d’un Poste de sécurité microbiologique (PSM) de type III, permettant de manipuler et inactiver les échantillons de sang suspect en toute sécurité, d’un extracteur d’ARN, d’automates de biochimie et hématologie et de moyens de protection individuels... Outre les diagnostics d’Ebola, ils peuvent également réaliser des tests rapides pour le paludisme et effectuer des analyses biochimiques ou hématologiques. Enfin, le P4 est en train de monter un laboratoire mobile, avec les mêmes équipements que celui de Macenta, mais dans un camion. Il devrait être opérationnel en février et permettra de se déplacer facilement dans les zones les plus touchées. À Lyon comme sur le terrain en Afrique de l’Ouest, le laboratoire P4 confirme donc son rôle central dans la lutte contre le virus Ebola.
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